Un hito estratégico para el Centro de Modelización Matemática constituye la creación del Laboratorio Nacional de Cálculo Científico que aloja al Supercomputador ATUQ. El Laboratorio inició su funcionamiento en el año 2013, con un equipo adquirido a través de dos proyectos de la Secretaría de Educación Superior, Ciencia, Tecnología e Innovación (SENESCYT), y posteriormente se incorporó un potente sistema blade fruto de convenios con el Instituto Oceanográfico y Antártico de la Armada (INOCAR) y el Instituto Nacional de Meteorología e Hidrología (INAMHI). De esta manera, se ha logrado que el centro gestione en la actualidad el supercomputador ATUQ, el más importante del país para tareas de cálculo científico de alto rendimiento.